As trilhas ecológicas são locais que promovem o ecoturismo, objetivando a valorização e sensibilização quanto à preservação e conservação dos recursos naturais. Porém, o uso por visitantes pode ocasionar impactos ambientais, os quais devem ser monitorados e avaliados. Nesse sentido, para avaliar a qualidade ambiental de trilhas ecológicas podem ser aplicadas metodologias utilizando bioindicadores, o que tem sido considerado como uma lacuna de conhecimento, principalmente no Brasil, é um importante problema de pesquisa. Deste modo, o objetivo do presente projeto é aplicar metodologias que empregam organismos diversos a fim de contribuir para estudos ambientais de trilhas ecológicas e promover sua conservação. Para atender a este objetivo geral, trilhas ecológicas, de importância econômica, turística e sociais, foram selecionadas e submetidas à avaliação por bioindicadores de reconhecidas funções ecossistêmicas, após sua caracterização ambiental com ferramentas específicas de geoprocessamento e elaboração de mapas temáticos: de localização, vegetação, hipsométrico, declividade, classificação de solos, clima, hidrografia e das áreas de preservação permanentes. Especificamente, para avaliação desses organismos em água, visando estudos de potabilidade e balneabilidade, foram estudadas bactérias do grupo coliforme total e Escherichia coli, enquanto para avaliação em solo, além de indicadores relacionados à macrofauna (formigas, por exemplo), biomassa e atividade microbianas, também foram utilizados fungos micorrízicos arbusculares (FMA), importante grupo microbiano formador de simbiose com plantas. Como resultados, comprovou-se que as metodologias aplicadas sobre os organismos foram capazes de indicar o efeito das atividades antropogênicas exercidas nas trilhas em estudo e auxiliar no entendimento do estado da qualidade ambiental desses ambientes. Além da formação de recursos humanos, espera-se que os dados oriundos dessas avaliações possam direcionar à tomada de melhor decisão pelos gestores ambientais envolvidos, de forma a respeitar o cunho educativo, social, econômico e turístico de uma trilha ecológica.